Eine große Auflaufform fetten. Den Kohlrabi schälen, jeweils vierteln und in dünne Scheiben schneiden. In Salzwasser und etwas Brühe blanchieren. Die Kartoffeln ebenfalls schälen und in Scheiben schneiden. Cocktailtomaten vierteln oder halbieren (je nach Größe).
Die Zwiebeln würfeln und in einer hohen Pfanne anbraten, Hackfleisch zerkrümeln und zugeben, salzen und pfeffern und kräftig anbraten. Zum Schluss das Tomatenmark kurz mit anschwitzen lassen, Hitze reduzieren und die Tomaten kurz mit dünsten lassen.
Sahne und Milch in einem Topf erhitzen, Schmelzkäse darin auflösen und kräftig salzen, pfeffern und mit Muskat abschmecken.
In die Auflaufform erst eine Lage Kartoffelscheiben, dann die Hälfte des blanchierten Kohlrabis, darauf das Hackfleisch mit den Tomaten, wieder Kohlrabi und zuletzt eine Kartoffelschicht geben. Zwischen den Lagen jeweils etwas salzen und pfeffern. Zuletzt die Sahne-Käse-Mischung darüber gießen, den restlichen Bergkäse darauf streuen und für etwa 30 Minuten bei 180° C Umluft (200° C Ober-/Unterhitze) in den Ofen schieben. Falls nötig am Ende kurz Hitze erhöhen und auf Oberhitze oder Grill schalten, damit der Käse schön gebräunt wird.